15 Abr 2021

Caracterización rápida basada en secuencia del virus de la Peste Porcina Africana



La peste porcina africana es una enfermedad viral porcina altamente contagiosa caracterizada por fiebre, hemorragia, ataxia y depresión severa. Esta enfermedad causa graves pérdidas económicas debido a su alta tasa de mortalidad (hasta el 100%) y su rápida propagación, la cual ha generado impacto en el comercio internacional.

El agente causal, el Virus de la Peste Porcina Africana, es el único miembro del género Asfivirus dentro de la familia Asfarviridae. Es un virus con envoltura grande que contiene un genoma de ADN bicatenario de aproximadamente 170 a 193 kpb, flanqueado por repeticiones terminales invertidas. 

El genoma contiene de 150 a 167 genes, incluidos los implicados en la replicación y el ensamblaje viral y en la modulación de las funciones celulares del huésped y la evasión inmunitaria. Hay 24 genotipos descritos, basados en la secuenciación del p72 de VPPA gen de la proteína de la cápside.

No existe una vacuna eficaz para controlar la Peste Porcina Africana y, por lo tanto, el control eficaz de la enfermedad depende de la detección y el diagnóstico precoces del virus de la peste porcina africana. El gran tamaño del genoma del Virus de la Peste Porcina Africana (∼180 kb) ha obstaculizado históricamente los esfuerzos para obtener rápidamente una secuencia del genoma completo. 

La adquisición rápida de datos es fundamental para la caracterización del aislamiento y para apoyar los esfuerzos epidemiológicos. Aquí, investigamos la capacidad del dispositivo sensor de secuencia Oxford Nanopore MinION para actuar como una herramienta de secuenciación rápida.

Cuando se combina con nuestro novedoso script de software complementario, la herramienta de secuenciación del análisis rápido de la Peste Porcina Africana (ASF-FAST), el análisis de los datos de salida se realizó en tiempo real. Se generaron secuencias completas del genoma de Virus de la Peste Porcina Africana a partir de cultivos celulares aislados y muestras de sangre obtenidas de cerdos infectados experimentalmente.

La eliminación del ADN metilado en el hospedador del ácido nucleico extraído facilitó la identificación rápida de la secuencia del Virus de la Peste Porcina Africana, con lecturas específicas del Virus de la Peste Porcina Africana detectadas dentro de los 6 minutos posteriores al inicio de la secuenciación. Independientemente del material de partida, se disponía de una secuencia suficiente para la resolución completa del genoma (hasta el 100%) en 10 min.

En general, este documento destaca el uso de la tecnología de secuenciación Nanopore en combinación con el software ASF-FAST con el propósito de una resolución rápida y en tiempo real del genoma completo del Virus de la Peste Porcina Africana a partir de una muestra de diagnóstico, el análisis de los datos de salida se realizó en tiempo real. Se generaron secuencias completas del genoma de Virus de la Peste Porcina Africana a partir de cultivos celulares aislados y muestras de sangre obtenidas de cerdos infectados experimentalmente.

Fuente: Vivian K. O’DonnellFrederic R. GrauGregory A. MayrTracy L. Sturgill SamayoaKimberly A. DoddRoger W. Barrette y Brad Fenwick (Editor). American Society for Microbiology, Journal of Clinical Microbiology. DOI: 10.1128 / JCM.01104-19




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